炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿…

　　由于家人的缘故，姬小路秋人（逢坂良太 配音）和姬小路秋子（木户衣吹 配音）这对从小就分离的兄妹即将重新同住一间屋檐下，令以写禁断小说为生的秋人意想不到的是，自己的妹妹，曾经天真可爱的秋子如今居然成为了一个兄控！果然，倡导“兄妹之间的爱才是珍贵的纯洁感情”的秋子对秋人发起了猛烈的攻击。　　在秋人的身边还聚集了一群姿色可…

幽灵、扮装少女、地底人、外星人、武艺高强的房东…这就是围绕在高一新生里见孝太郎身边的美少女军团。不过可别以为孝太郎过著置身天国的粉红色生活，其实这五名美少女正是他的烦恼来源。

故事背景设定在《天才麻将少女》本篇第二主角原村和曾生活的奈良县，主角校为阿知贺女子学院。 原村和在初中阶段曾经在阿知贺女子学院读书，由于人数不足，麻将部一度处于废部的境地，而麻将部的活动室则被当做当地儿童麻将活动室，今年由于人数足够，麻将部重新开始活动，围绕原村和展开的麻将竞技故事由此开始。