武则天借万象神宫落成之际，安排能工巧匠利用阳光折射的技巧，使得万象神宫的金顶凤凰变活，展翅飞翔，并且还引来万鸟朝凤的祥瑞奇观，引得百官惊呼武则天乃是天之神女，天命所归，而武则天便可以借此良机，顺利登基，岂料风云突变，天空出现天宫，并降下石头神将砸毁金顶凤凰，让祥瑞变凶兆，武则天大怒，再次急招狄仁杰回京彻查此案！狄仁杰再…

继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶实力士星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。

全方位升级的萌宝战警整装待发，收集并保护古生物恐龙基因，了解远古生物知识，强有力的阻止邪恶集团的一切阴谋，还地球宁静与和平。