酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……

　　讲述灰原哀的过往。

讲述灰原哀的过往。

高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道…

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻…