每当大象市出现危机时，就会有三个铠兽超人挺身而出，他们就是阿呜、浣影和蓝方包。某天，阿呜家来了个名叫依乐的智能生命，她告诉阿呜他们，智能次元出现了一个叫零的邪恶的智能生命，它企图统治整个人类世界，并感染了其他智能生命，导致它们暴走，引发了一系列的破坏和灾害。为了保卫城市，阿呜三人和依乐组成了全新的铠兽战队。

变形联盟和海澄合力击败敌人，平溪市再次回归和平。然而时空能量异常波动情况却愈演愈烈，导致现实世界与平行宇宙发生交错产生了时空歧点，时空兽也随之出现。就在变形联盟忙于对付时空兽修复时空歧点时，茜卡与双子星汇合，策划了一系列针对变形联盟和平溪市的侵袭行动，也趁乱夺走沉睡在基地中的虫王卵。阻止时空错乱，抵抗浩肯星侵袭，面对双…

传说在数万年前，有一个世外桃源那里生活着许多龙，由于真龙需要吸收大量的真气，导致地球上空气稀薄，人类濒临灭绝，为拯救人类，幸存的人制造出屠杀巨龙的兵器，开始屠杀巨龙，龙族四处逃串，最后的一条巨龙逃到了中原，将龙族的希望封印于地底，而巨龙死亡时爆发的能量弥漫于空气中，修炼的人称之为龙魂。数万年后，屠龙族的白无瑕来到万家寻…

为了对抗源源不断的邪恶怪兽，宇宙守卫队展开不懈的努力，替龙战士不断开发新的能力。与此同时，拥有不灭之身的盖厄斯正快速降临蓝星，盖厄斯是科技发达的米诺亚行星研究出来的永生细胞，拥有不断分裂的能力，但很快，盖厄斯就演变成了恶性生命体，对米诺亚行星造成毁灭性的打击。龙辰飞变身龙战士展开艰难战斗，并将其击败。

宇宙守卫队肩负着保护蓝星的使命，然而，邪恶的外星生物源源不断地侵略蓝星。龙辰飞变身龙战士跟邪恶怪兽战斗，但邪恶怪兽的实力越来越强大，仅靠龙战士的力量无法打败那些怪兽。于是，宇宙守卫队开发出新的战斗伙伴——星源兽。龙战士和星源兽们一起并肩作战，在战斗中不断培养默契。星源兽们纷纷感受到龙战士守卫蓝星的意志，在星源兽的帮助下…

某天，爆龙大陆突然出现巨兽袭击人类事件，为了解决这些事件，公会发布任务召集驯龙斗士前往调查并打倒巨兽。心奇和罗拉为了尽快晋升黄金驯龙斗士，也接受了这个任务。在他们出发前，复博士帮助他们升级战车，他们的爆龙可以进化成机械恐龙形态（LV1）。当他们到达目的地后，发现这里正在遭受七大巨兽之一的虫帝的攻击。为了阻止发狂的巨兽，心…

　　《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。