日本战国时期，分属不同大名的忍者集团也在暗处进行着角力。在一个月朗星稀的夜晚，伊贺忍者耶麻汰（三元雅芸 饰）、阵内（柏原收史 饰）、老鼠等人执行刺探任务时意外与对手相碰，期间天空中忽然飘过一个巨大的火球，令众人颇感意外。耶麻汰等回到村中后，在首领的指示下又去森林中探查火球的真相。途中他们邂逅同属一派的凛林（肘井美佳 饰）…

经历漫长的战争之后以七代目火影漩涡鸣人治理的木叶村为中心，成立了新的忍者5大国，本作主要讲述鸣人的儿子、虽然有才能却把鸣人叫做臭老爸的漩涡博人；佐助的女儿、对鸣人抱持憧憬的宇智波佐良娜；以及充满了谜团的超级优秀忍者巳月三人一组，在村子里努力修炼成长的故事。

故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后，忍者世界恢复到往日的和平。忍者们认真地进行日常训练，但大地忍者 - 寇，似乎有什么心事困扰着他。寇在过去的战役当中，被邪恶的杨大师变成了幽灵，原本他还以为自己已渐渐习惯幽灵形态，但他却惊觉自己有可能随时会消失不见，仿佛不曾存在过一样。就在这个时候，他又听到了杨大师的呼唤，发现杨大师正…

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

该剧改编自横关大的同名小说，是一部各自怀有秘密的忍者夫妇的爱情喜剧。本为敌对关系的“忍者后裔”的一对男女在不知道彼此的真实身份的情况下结了婚，在隐瞒真实身份的生活中发生了各种各样的事件。

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

恶棍们想利用龙的生命力为非作歹，两个来自不同世界的少年用他们新获得的忍者力量保护龙免受侵害。

　　怀有电影梦却只能在日本做婚庆摄影的夏五环，不小心得罪了忍者组织，被威胁同一位叫柚子的女忍者一起为他们拍摄宣传片。在惊喜和惊吓中，五环见识到了传说中“三忍”的独门绝技，影片拍摄却被卷入一个阴谋当中……