使用魔术手法在全世界范围内进行盗窃的大怪盗·怪盗基德，在时隔8年后首次现身。　 　喜爱魔术的高中生黑羽快斗，在同学的面前发出了要与基德一决胜负并将其逮捕的宣言。当天，基德对正在小野银行中展示的宝石“月之瞳”发出了盗窃预告。回到家中的快斗意外发现了已经去世的魔术师、父亲黑羽盗一留下的密室，房间中不知为何存放着与怪盗基德一模…

主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗，在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后，身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助，从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德，而且他并非死于意外，而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人，快斗决定以第二代怪盗基德的身份开…