本片讲述了一个科幻悬疑的故事：翼生与林溪为查明校花消失的真相，被牵扯进一个巨大的科技阴谋中，一切都源自叶芊和翼教授在科学实验中的矛盾分歧，叶芊认为长久的实验研究得出了成果就应该公之于众，用于临床，为了科学的进步所有的牺牲都是值得的；而翼教授认为，再伟大的科学成果，如果他违背人性都应该立刻制止。

道士燕赤霞和书生宁采臣，为了除掉树妖姥姥救出受制于姥姥的聂小倩，与众侠士在兰若寺中与姥姥大战，不慎引发乾坤金印的时空穿梭神力，被金印传送到了现代。来到现代的燕赤霞、宁采臣和聂小倩从妖魔手上救下女主角媛媛，三人在媛媛家暂时安顿，却给媛媛带来了诸多麻烦。另一边，一同来到现代的姥姥和蛇妖处心积虑的想要利用乾坤金印的神力，妄图…