20世纪70年代，假面骑士1号和2号联手打败了邪恶组织修卡，但是神秘而邪恶的假面骑士3号突然出现，以压倒性的实力击败了1号、2号，世界的历史就此发生改变。21世纪，原本生活在和平自由年代下的民众，突然委身于修卡团伙的统治之下。曾经正义一方的泊进之介（竹内凉真 饰）则沦为修卡特状课的走狗。修卡丧尽天良，从小污染少年儿童纯洁的心灵…

　　由于接二连三发生离奇事件，泊进之介和诗岛雾子奉命来到天空寺，希望作为目击证人的月村明里（大泽光 饰）和天空寺尊（西铭骏 饰）能协助弄清事件背后的真相。而当他们抵达天空寺的时候，却发现尊正和眼魔陷入苦战。进之介化身为假面骑士Ghost加入战斗，就在此时时空不知被什么扭曲，进之介和尊瞬间回到了十年前。在那里，天空寺尊看到了本…

地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活。某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。